La investigación se articula en Kronikgune en 6 programas de investigación científica que abordan diferentes niveles de intervención ante la cronicidad y que a su vez algunos de ellos, se dividen, en subprogramas:

1. Enfoque poblacional.
1.1. Epidemiología, desigualdades e impacto de la cronicidad en salud.
1.2. Estratificación y modelización.
2. Prevención y promoción.
3. Autonomía del paciente.
4. Continuo de atención.
4.1. Innovación organizativa.
4.2. Evaluación y calidad asistencial.
4.3 Gestión clínica de la cronicidad.
5. Intervenciones adaptadas.
5.1. Nuevas tecnologías en el tratamiento de enfermedades crónicas.
5.2. Intervenciones y tratamientos psicosociales en la cronicidad.
5.3. Uso del medicamento.
5.4. Desarrollo de nuevos productos y tecnologías.
6. Investigación de resultados en salud.
6.1. Evaluación de resultados.
6.2. Métodos y herramientas de investigación.

La capacidad investigadora de Kronikgune está conformada por 31 Grupos de Investigación que agrupan cerca de 300 investigadores de la Red Sanitaria Vasca