La investigación y la innovación es una línea estratégica para el Departamento de Salud y Osakidetza. La Estrategia de Investigación e Innovación en Salud 2020 refuerza las bases y alinea los centros para la investigación e innovación en el sistema.

En el marco estratégico de actuación de los IIS en el Sistema Sanitario Vasco, y bajo las líneas prioritarias establecidas y promovidas desde el Departamento de Salud del Gobierno Vasco, el Instituto Kronikgune tiene como fin fundamental promover y realizar investigación en gestión y organización en servicios de salud y sociosanitarios, alineada con las políticas del departamento competente en salud que persiguen la adaptación continua y transformación del sistema de salud, manteniendo a las personas en el centro del sistema e incluidos los retos derivados de la vejez, cronicidad y dependencia.