Los Grupos de Investigación son las unidades básicas de estructuración de la investigación del Instituto Kronikgune. Están formados por personal del Instituto propio o adscrito, que, independientemente de la institución o entidad de pertenencia, tiene afinidad científica y desarrolla su actividad bajo la dirección, supervisión o parámetros marcados por el Investigador Principal responsable de cada grupo.

Los grupos están definidos por una temática de investigación y actúan dentro de un área de Investigación del Instituto Kronikgune.

Desde el  2019 se han adscrito al Instituto Kronikgune cinco Grupos de Investigación procedentes de diferentes organizaciones de Osakidetza.

Grupo de investigación Investigador/a Principal Organización 
Grupo de investigación en servicios de salud en enfermedades crónicas José Mª Quintana López OSI Barrualde – Galdakao
Reutilización de datos de práctica asistencial Dirección de Asistencia Sanitaria – Dirección General de Osakidetza
Grupo de Investigación en Atención Primaria Itziar Vergara Mitxeltorena Unidad de Investigación AP Gipuzkoa
Evaluación Económica de Enfermedades Crónicas Javier Mar Medina OSI Alto Deba
Grupo de Investigación en Servicios de Salud Antonio Escobar Martínez OSI Bilbao Basurto